Le 24 squadre che hanno superato la fase a gironi e le 8 retrocesse dalla Champions League compongono il gruppo delle 32 che si sfideranno ai sedicesimi di finale di Europa League. Presenti nell'urna di Nyon tre squadre italiane: la Lazio, che si è classifica al secondo posto nel proprio girone, e Napoli e Inter, teste di serie e retrocesse dalla Champions League. Questi gli accoppiamenti:
Viktoria Plzen-Dinamo Zagabria
Club Brugge-Salisburgo
Rapid Vienna-Inter
Genk-Slavia Praga
Krasnodar-Bayer Leverkusen
FC Zurigo-Napoli
Malmoe-Chelsea
Shakhtar Donetsk-Eintracht Francoforte
Celtic-Valencia
Rennes-Real Betis
Olympiacos-Dinamo Kiev
Lazio-Siviglia
Fenerbahce-Zenit
Sporting CP-Villarreal
BATE Borisov-Arsenal
Galatasaray-Benfica
Le teste di serie: Arsenal, Bayer Leverkusen, Benfica, Chelsea, Dinamo Zagabria, Dinamo Kiev, Eintracht Francoforte, Genk, Inter, Napoli, Real Betis, Salisburgo, Siviglia, Valencia, Villarreal, Zenit
Le squadre in seconda fascia: BATE Borisov, Celtic, Club Brugge, FC Zurigo, Fenerbahce, Galatasaray, Krasnodar, Lazio, Malmoe, Olympiacos, Rapid Vienna, Rennes, Slavia Praga, Sporting CP, Shakhtar Donetsk, Viktoria Plzen
